การแสดงความคิดเห็นอย่างตรงไปตรงมาของอาจารย์อัจฉราวดี วงศ์สกล เกี่ยวกับความมีศีลธรรมในหมู่ชาวพุทธได้ทำให้เกิดประเด็นโต้แย้งเกี่ยวกับตัวท่าน และการที่อาจารย์อัจฉราวดีได้วิจารณ์อย่างเปิดเผยเกี่ยวกับพระสงฆ์ไทยบางรูปที่ไม่ปฏิบัติตามหลักพระพุทธศาสนาและพระวินัยอย่างเคร่งครัด ได้ก่อให้เกิดการดูหมิ่นให้ร้ายท่านทั้งจากสื่อมวลชนและองค์กรพุทธบางแห่งซึ่งควบคุมบริหารโดยผู้ชาย เนื่องจากในวัฒนธรรมของไทย ผู้หญิงไม่สามารถวิพากษ์วิจารณ์พระสงฆ์ ถึงแม้ว่าจะมีหลักฐานที่ชัดเจนรองรับก็ตาม นอกจากนี้ สื่อมวลชนไทยยังได้กล่าวหาว่าอาจารย์อัจฉราวดีทำตนเหนือพระสงฆ์และกล่าวหาพระสงฆ์ที่เป็นศิษย์วิปัสสนากรรมฐานของท่านว่าได้แสดงความเคารพอาจารย์ซึ่งเป็นผู้หญิง เนื่องจากมีข้อห้ามพระสงฆ์ทำความเคารพผู้หญิง

สื่อมวลชนยังได้วิจารณ์ถึงการปฏิบัติกรรมฐานสายเตโชวิปัสสนา และในส่วนของผู้กล่าวหายังได้ระบุว่าการปฏิบัติเตโชวิปัสสนากรรมฐานไม่มีปรากฏอยู่ในคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนาเล่มใด จึงสมควรที่จะยกเลิกการปฏิบัติแนวทางนี้ และยังได้กล่าวร้ายอาจารย์อัจฉราวดีที่ทำการสอนวิปัสสนากรรมฐานด้วยวิธีนี้ บางคนถึงขนาดจัดประเภทของเตโชวิปัสสนาว่าเป็นเพียงลัทธิหนึ่ง[9]

อย่างไรก็ตาม เสียงวิจารณ์ต่าง ๆ ก็สงบลง หลังจากที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติได้ทำการตรวจสอบทั้งทางด้านอาจารย์อัจฉราวดี วงศ์สกลและด้านมูลนิธิโนว์อิ้งบุดดาแล้ว และให้การรับรองความถูกต้อง หลังจากนั้น ยังมีเจ้าหน้าที่ระดับสูงจากมูลนิธิมหามกุฎราชวิทยาลัยเข้ารับการอบรมปฏิบัติเตโชวิปัสสนากรรมฐานกับอาจารย์อัจฉราวดี และได้ยืนยันว่าการปฏิบัติสายนี้เป็นหนทางอันถูกต้องสายหนึ่งที่จะนำไปสู่ความรู้แจ้งได้[10]

เมื่อต้นปีพ.ศ. 2561 อาจารย์อัจฉราวดีและมูลนิธิโนอิ้ง บุดด้า เพื่อการปกป้องพระพุทธศาสนาได้ตัดสินใจฟ้องร้องกลุ่มผู้ปล่อยข่าวใส่ร้าย ซึ่งการดำเนินการทางกฎหมายนี้ อาจารย์อัจฉราวดีกล่าวว่า ไม่ได้เพื่อต้องการแก้แค้นแต่อย่างใด  แต่เป็นการออกมาแสดงความบริสุทธิ์ใจต่อสาธารณชน แต่เพื่อการธำรงความยุติธรรม  และปกป้องความดีงามให้มีที่ยืนได้อย่างสง่างาม  อีกทั้งยังป้องกันผู้หลงเชื่อ  ไม่ให้หลงกระทำบาปดูหมิ่นดูแคลนผู้อื่นเพราะถูกลวงด้วยถ้อยความเท็จ  หลังจากคดีความดำเนินมาได้ปีกว่า ๆ ในที่สุด ในเบื้องต้นศาลได้มีคำพิพากษาตัดสินแล้ว จำนวน 1 คดี และผู้เป็นจำเลยต่างยอมสารภาพความผิดโดยโฆษณาคำขอขมาเป็น จำนวน 2 คดี และจำเลยถูกออกหมายจับ จำนวน 1 คดี[11]